游戏中主要包含两大阵营：盟军和苏联。每个阵营都有其独特的军队、技术、武器和战略。
盟军：代表着自由世界的利益，拥有高科技武器和灵活的战术。盟军的优势在于其先进的空中力量和强大的海军。
苏联：以其强大的坦克部队和重型装甲闻名。苏联的战术重在使用坚固的地面部队以及大规模的攻击来压制对手。
游戏的剧情随着玩家选择的阵营而有所不同，但无论选择哪个阵营，玩家都将被卷入一系列紧张激烈的战役中。
盟军篇：剧情讲述了盟军如何从苏联的初始攻击中挣扎求生，逐渐组织起反攻，最后反击苏联，试图解放欧洲并最终直捣苏联心脏，莫斯科。在这一过程中，玩家将遇到许多挑战，包括解救被俘虏的科学家，保护重要的军事基地，以及指挥多国联军对抗苏联的侵略。
苏联篇：苏联剧情线则展现了一个全然不同的视角，讲述了苏联如何发起战争、扩张领土，以及他们如何计划彻底消灭对自身统治构成威胁的所有力量。随着剧情的发展，玩家将领导苏联军队征服欧洲、击溃对手，并最终实现全球霸权的野心。
《红色警戒：命令与征服》的剧情不仅仅是通过任务简报或是载入画面中的文字来推进的，它还大量使用了实时渲染的场景和实拍的视频片段来讲述故事。这使得游戏的情节更加生动和引人入胜，玩家可以看到在任务中遇到的角色如何参与到整个剧情中，其间不乏叛徒、英雄以及各种意想不到的转折。
《红色警戒：命令与征服》以其独特的历史背景、丰富的战略选择以及复杂多变的剧情，成为了战略游戏中的经典之作。游戏中不仅有对战术和策略的考验，更有引人入胜的故事，让玩家在指挥战斗的也能够体验到一次跌宕起伏的历史旅程。
